一體化污水處理設備在正確安裝完成后，在運行前，首先需要檢查風機的潤滑油是否加滿，電路連接是否可靠，管道連接是否牢固，檢查完畢后，將一體化污水處理設備注入清水，檢查各管路、箱體是否有滲漏情況，檢查完畢后，單電機試運行，空轉點試設備的風機、電機的正反轉，確保各電機正轉運行。
第二，啟動風機，檢查一體化污水處理設備曝氣是否正常；啟動各水泵，檢查管路連接是否正常。
第三，檢查完畢無誤后，開啟手動模式，注入半箱水，啟動曝氣風機，加入活性污泥，將二沉池污泥回流泵時間繼電器調整到所需要的模式。
第四，污水注滿接觸氧化池，啟動風機，對好氧池內污水進行曝氣，重新注水，繼續曝氣，如此反復運行，每天進水時間相對延長，同時觀察接觸氧化池內填料情況，經過較長時間的馴化，可加快生物膜的形成。
