一般來講，一體化污水處理設備的污泥調試過程中，微生物生長條件不能發生驟然的突出變化，要給予一定的適應時間，馴化過程盡量與原生長條件一致，當做不到時，一般用常規生活污水作為水源，果汁廢水因濃度過高不能作為馴化水體，需要加以稀釋，一般情況下控制COD負荷不超過1000—1500mg/L為宜，可以用1：1或2：1（生活廢水：果汁廢水）調配后才可作為原始馴化水，馴化時水溫不得低于20℃，馴化時采用連續悶曝3—7d，并在顯微鏡下檢查微生物生長狀況，也可用檢查出水COD來判斷微生物生長情況和效果；
馴化條件具備后，在連續運行取得一定效果時，采用遞增進水量的方式，使微生物逐漸適應新的生長條件和環境，遞增幅度按現場水解酸化、好氧工藝決定，一般情況下，好氧正常啟動在7—14天內完成，逐漸遞增幅度在8—15%；水解酸化遞增幅度則要小得多，一般應控制揮發酸（VFA）濃度不大于1000mg/L，且池內的pH值控制在6.5—7.5范圍內，并不能產生大的波動，在這種情況下才可進行逐漸遞增進水量，每小時遞增幅度不大于3%，水解酸化從啟動到正常滿負荷運行應在25—40天時間（高濃度有機廢水視現場情況決定，需要更長時間來馴化）；
水解 、好氧各是一個較為復雜的工藝，每個工程都有自己的特點，需要根據現場實際情況加以必要的調整；
一體化污水處理設備的缺氧池一般情況下不需進行活性污泥的接種、馴化，與好氧系統同步進行即可。
